本項では2006年度に3次車として登場した3100番台について扱う。
外観
外観は他の313系と同様(8000番台除く)ステンレス車体にオレンジの帯の東海スタイルで、字幕やライトは他の3次車と同じくフルカラーLEDとHIDである。
内装
室内は従来の3000番台と同一で、ワンマン運転対応車である事から出入り口表示機・運賃箱・運賃表示機・整理券発行機・サイドミラー・自動放送装置を搭載している。
運用
2006年8月7日にから営業運転を開始し、3次車のグループで一番最初に営業入りした。当初は123系の運用を置き換える形でデビューしたので身延線で使用される事が多かった。その後10月1日のダイヤ改正からは既存の3000番台と共通運用されるようになった。本グループは2編成のみかつ3000番台初期車と共通なので見つけるのは難しい。